Io mi sento di consigliarti due cose... la prima è provare una qualche distribuzione live (linux, Windows...) o di installare il sistema operativo su un secondo hard disk e vedere come si comporta il pc... la seconda è di forzare lo scandisk, magari in modalità provvisoria visto che in modalità normale pare non eseguirtelo... al limite puoi fare una scansione con tool da boot disk... a me è successo, ai tempi di XP, di avere un disco fisso corrotto che sembrava "mangiare" files... e il pc faceva il diavolo a quattro!!!